Библиотека ИнВП РАН была организована в 1968 г. В настоящее время общий фонд библиотеки составляет около 39 тыс. ед., в том числе: книг — 15 тыс., периодических изданий — 24 тыс.
В основе фонда — литература по гидрологии, климатологии, океанологии, гидрогеологии, гидробиологии и т.п. Около трети литературы- на иностранных языках. Имеется уникальный фонд Гидрологических ежегодников. Книжный фонд размещен на двух этажах Института, общая площадь около 100 кв.м. Справочный аппарат библиотеки представлен алфавитным и систематическим каталогами и картотеками.